Corría el año de 1988 y un grupo de personas expresaron al diputado Samuel Fernández Ávila su opinión de que era necesario establecer una preparatoria pública en Zapotlanejo, pues quienes aspiraban a estudiar una carrera universitaria debían trasladarse a la capital del estado, con los gastos, riesgos y pérdida de tiempo que eso acarreaba. La mayoría de los egresados de secundaria truncaban entonces sus estudios, sin poder llegar a una educación superior. Entre ellos podemos mencionar al arquitecto Héctor Macías de la Torre, entonces presidente municipal y a varios funcionarios de su administración: Salvador Arana, Juan Pulido Álvarez, Jesús Vega de León (+), Rubén Torres Hernández y Daniel Nuño.
El presidente municipal, Héctor Macías de la Torre tomó el compromiso de apoyar la creación de la preparatoria, invitando a diversas personas a formar parte del patronato y pidió al Ing. Rubén Torres Hernández que encabezara el proyecto como director. A partir de ese momento se realizaron los pasos necesarios como el estudio de mercado y los trámites para que la nueva institución fuera reconocida por la universidad.
Una vez que se tuvo la certeza de que sí se autorizaría, fue tiempo de los preparativos para el trabajo en las aulas. Promoción entre los egresados de secundaria, adaptación de un lugar para su funcionamiento, organización de la plantilla de maestros y el personal de apoyo, todo eso fue necesario para poder comenzar con el semestre.
Las instalaciones del DIF municipal albergaron en un principio al grupo inicial de 30 alumnos, que permanecerían allí hasta terminar su bachillerato en 1992. Varios profesionistas de nuestro municipio y otros más que venían de fuera, apoyaron para impartir las clases a esas primeras generaciones
Mientras tanto, las circunstancias permitieron que en poco tiempo la preparatoria se hiciera oficial en vez de incorporada, ya que la Universidad estaba en proceso de expansión al formar la Red Universitaria de Jalisco, que cambiaría el modelo de la casa de estudios, creando centros universitarios temáticos en la ciudad de Guadalajara y centros universitarios regionales, así como un número importante de preparatorias regionales y módulos.
Gracias a las gestiones ante la universidad, el mes de septiembre de 1994 se crea la Preparatoria de Zapotlanejo, aunque algunos funcionarios de la UdG pretendían que fuera módulo de la Preparatoria de Tepatitlán, pero gracias a la insistencia del Ing. Rubén Torres y el apoyo de la Mtra. Ruth Padilla, quedó como regional, dependiendo ya de la Universidad y recibiendo de ella los recursos económicos para su funcionamiento, lo cual fue muy afortunado pues si hubiera sido módulo habría dependido de la voluntad de otra escuela para todas sus actividades.
Hasta entonces la construcción de los distintos edificios de la escuela había sido con el esfuerzo de la comunidad a base de rifas, donaciones y aportaciones de diversos tipos, en lo que se demostró la gran voluntad de la gente de Zapotlanejo para apoyar este proyecto educativo tan importante. Como ejemplo, se puede mencionar que el Ayuntamiento aportó el terreno en el que se ubica la escuela, el cual había sido aportado por los señores Gustavo y Jesús Marroquín y el Ing. Hernán Pazquett (+). Por su parte, las distintas administraciones municipales han tenido siempre la voluntad y el apoyo tanto económico como en la solución de los problemas que se han presentado.
Unos pocos años más tarde se logra la creación del Módulo Matatlán, que acerca los beneficios de la preparatoria a esa delegación y sus comunidades cercanas, incluyendo a muchos jóvenes de la cabecera que no alcanzaban lugar en el plantel de Zapotlanejo.
A lo largo de estos años la preparatoria ha tenido los siguientes directores y secretarios:
Ing. Rubén Torres Hernández (1994-2001),
Secretarios Lic. José de Jesús Vega de León y Lic. José Luis Paz Robles.
Dr. José Francisco Espinoza de los Monteros Cárdenas (2001-2007),
Secretaria Dra. Lilia Margarita Lomelí Urquieta
Mtro. César Ernesto González Coronado (2007-2010)
Secretaria Ing. Martha Patricia Bolaños Dávalos
Dr. Víctor Hugo Durán Morales (2010- )
Secretarios Lic. Fernando Álvarez Jiménez y Lic. Gloria Cecilia Macías Saucedo.
El patronato de Padres de Familia ha sido fundamental en apoyar a la preparatoria en el desempeño de sus actividades, siendo éstos los presidentes que ha tenido hasta la fecha: José Dávalos, Jesús Méndez Castellanos y Roberto Marín Nuño
Hoy es momento de celebrar que en sus 25 años de existencia, la Preparatoria ha sido un lugar para el desarrollo de miles de jóvenes de nuestro municipio, brindando no solamente conocimientos y preparación académica, sino un ambiente propicio para enriquecer su vida por medio de la convivencia, el trabajo, la recreación y la amistad, que han fomentado un avance significativo en la mentalidad y el progreso de Zapotlanejo. Felicidades a esta escuela y a todos los que de una u otra manera han contribuido a su valiosa labor educativa.