La Escuela Preparatoria Regional de Zapotlanejo inicia sus labores oficiales en el año de 1994, mediante el dictamen de creación emitido por el Honorable Consejo General Universitario en el mes de septiembre como Escuela Regional del Municipio de Zapotlanejo, favoreciendo que un mayor número de jóvenes en el municipio, lograran la oportunidad de acceder a la educación del nivel medio superior.
La Escuela Preparatoria Regional de Zapotlanejo se encuentra en el municipio de Zapotlanejo, Jalisco en el km 1.5 de la carretera antigua a Tepatitlán, está integrada por ocho edificios de los cuales cuatro disponen de treinta y dos aulas para impartir clases, una biblioteca, un auditorio y la cancha de Futbol 7, cuatro laboratorios de computo, un laboratorio de Ciencias Naturales y el área de oficinas administrativas.
El Plan de Estudios ofertado en el plantel es el Bachillerato General por Competencias. Los docentes que integran la plantilla académica, están certificados en competencias docentes.
En el año 2000 se incorpora un Módulo Escolar en la localidad de Matatlán, de tal forma que la oferta educativa del Bachillerato General por Competencias, se amplía abriendo oportunidades para la población que por la lejanía de sus asentamientos, se ven obligados a abandonar sus estudios de bachillerato en esta zona del municipio.
La Escuela Preparatoria Regional de Zapotlanejo, es una de los 71 planteles de Educación Media Superior de la Universidad de Guadalajara, pertenece al Padrón de Calidad del Sistema Nacional de Educación de Media Superior en el nivel I, certificación otorgada por cuatro años a partir del 2018 y concluyendo en el año 2022, es de importancia señalar que también es una Escuela Libre de Humo de Tabaco, al obtener la certificación de la COFEPRIS.
En los edificios escolares, cada una de las aulas está equipada con pintarrón, pantalla para proyección, cañón, computadora lap top y equipo de sonido, además de conexión a internet y aire acondicionado; de igual modo, se encuentran equipadas las aulas en las instalaciones del Módulo de Matatlán, generando ventajas competitivas con el apoyo de la tecnología, en el desarrollo de las actividades de enseñanza-aprendizaje para los estudiantes.
Mediante el ejercicio de la planeación institucional y el trabajo colaborativo, la Escuela Preparatoria Regional de Zapotlanejo y el Módulo Matatlán, pretenden responder a los retos de su entorno, para mejorar el intercambio y apropiación de conocimientos en sus estudiantes, al generar en su Planeación 2020-2025 los objetivos para el desarrollo sostenible en la educación, las estrategias y los indicadores para consolidar la calidad educativa y el fortalecimiento en la gestión del trabajo directivo, académico, administrativo con la finalidad de alinear estos objetivos y estrategias con los planteamientos del modelo educativo aprobado en el año 2019 y en la dirección propuesta en el Plan de Desarrollo Institucional de la Universidad de Guadalajara y el Sistema de Educación Media Superior para las escuelas preparatoria regionales.